腸管感染症はアジア・アフリカの発展途上国において重要な健康保健問題である。統合的解析技術の進歩により、腸管感染症の原因となる微生物叢を、病原・常在微生物叢同時に解析するメタゲノム・メタトラ ンスクリプトーム解析が可能となりつつある。しかし、腸管感染症の浸淫地である途上国においては、日常的に利用できる設備・解析基盤が構築されておらず、これらの技術の応用は極めて困難である。

本事業提案では、アジアの途上国における腸管感染症罹患者と健常人における腸内微生物(原虫・寄生虫を含む)叢を網羅的に明らかにし、宿主と腸内微生物叢の相互関係を解明することを長期的な目的とする。具体的な戦略としては、アジア各国の現状に沿った解析技術・基盤の構築・共有と解析技術の教育・ 研修を短期的な目的とする。東京大学医学系研究科国際保健学専攻に国内の拠点を形成し、海外 5 カ国 8 施設の拠点と共に国際共同研究を展開する。これまでのマイクロビオーム解析は一般に腸内細菌叢の 16S rDNA 解析によるのみであり、原虫を始めとする真核生物の関与は全く理解されていない。原虫・寄生虫・真菌は腸内微生物叢の重要な部分を担い、統合的解析は不可欠である。

第1の目標として、メタゲノム・メタトランスクリプトームを用いて、アジア流行地において感染性下痢 症患者と正常者の腸管マイクロビオームを、細菌・原虫/寄生虫・真菌を含めて解析し、真核生物叢と細 菌・ウイルス叢の包含した完全データベースと解析方法を確立する。第2の目標として、細菌・原虫/寄生虫・宿主の相互作用を海外の拠点施設が独自の目的に応じて活用することができるように、データベース と解析方法を最適化し、毎年実施する国際共同セミナー・研修を通じて、各海外共同研究施設と共有する。

第3の目標として、国際共同研究セミナー、国内研修を国内の若手研究者に計画・実施させ、活発な 国際交流活動を通じて国内若手研究者の国際的リーダーシップ能力を育成する。以上、アジア 5 カ国と日 本の東大拠点+5 協力機関で構成される腸管感染症マイクロビオーム解析国際ネットワークを構築し、今後の原虫/寄生虫・真菌を含めた細菌・真核生物を網羅的に包含した腸管感染症ゲノムデータベースと解析パ イプラインの構築と継続的研究体制の基盤とする。以上の国際交流拠点の形成は、長期的には腸管感染性 の病原微生物からヒトを守る(細菌だけでなく原虫・寄生虫・真菌を含めた)腸管微生物叢の解明につながると期待され、その意義は深い。